Дар асоси маълумотҳои археологӣ, метавон гуфт, ки аввалин сокинони сокини Помир, ки аллакай дар асри сангӣ пайдо шудаанд. Тадқиқоти фаъолияти онҳо то имрӯз танҳо дар Помири Шарқӣ пайдо шудаанд. Бо вуҷуди ин, баъзе мутахассисон боварӣ доранд, ки аввалин сокинони давраи санг шояд Помирҳои ғарбӣ бошанд.

Дар асрҳои VII-II п.а.м. Помир аз ҷониби қабилаҳое, ки дар сарчашмаҳои хаттӣ ҳамчун Saki ном доранд, зиндагӣ мекарданд. Фарҳанг, санъат ва эътиқодҳои моддии онҳо бо сокинони минтақаҳои шимолии Осиёи Марказӣ алоқаманд буданд.

Сабаб дар он аст, ки аҳолии Помир дар асрҳои III-II п.а.м. дар баъзе аз вобастагӣ дар Юнону Бохтар аз давлатҳои Кушониён буд. Дар Помир ҳабсхонаҳо, манзилҳои деҳот, ҷойҳои ибодат, аз қабили маъбадҳо буданд.
Аз асри XI сар карда то асри XVII кишварҳои рӯ ба тараққӣ дар қаламрави Осиёи Марказӣ - Темуриён, Шайбониҳо аз сарварони ниманизомии Шуғнон, Рушан ва Вакҳан гирифта шуданд.

Махсусан вақтҳои душвори халқҳои Помир ҳукмронии Мангитӣ, Аморати Бухоро ва қудрати афсарон буданд.

Соли 1885, аскарони рус Помири Шарқӣ ишғол карданд ва Мурғоб таъсис доданд. Мутобиқи Созишномаи Русия ва Англия оид ба тақвияти 11 марти соли 1895 ба муқобили манфиати мардуми маҳаллӣ, Вилояти Мухтори Кӯҳистони Бадахшон, дар қаламрави чапи дарёи Панҷ дарёфт шуда буд, Бадахшон аз ҷониби Русия ба Бухоро интиқол дода шуд.
Дар оғози асри бистум ватани Помир - Рушан, Шуғнон, Ишкошим ва Вахон - ихтиёрӣ ба унвони империяи Русия табдил ёфт. Аз соли 1902 қариб ҳамаи Помири Ғарбӣ (Бадахшони Ғарбӣ) ба фармондеҳ ё сардори палатаи помирии Русия тобеъ аст, ҳарчанд, ки дар қаламрави Бухорои Шарқӣ номбар карда шудааст.

Аз соли 1905, тамоми Бадахшон ва Помири Шарқӣ аз маъмурияти генералии Туркистон ба ноҳияҳои махсуси маъмурие, ки таҳти роҳбарии сардори плазаи помирӣ бо маркази шаҳри Хоруғ ҷудо шуданд. Роҳбари ҳайати мушовире, ки ҳуқуқи раиси ноҳияро гирифтааст, ба тобеъияти низомии вилояти Фарғона тобеъ буд.

Ҳокимияти шӯравӣ дар Бадахшон охири моҳи июни соли 1920 таъсис ёфтааст. Дар моҳи июли соли 1923 Бадахшон дар қаламрави Туркистони Сотсиалистии Тоҷикистон ҳамчун минтақаи мустақил ба шумор рафта, то охири соли 1924 ба он дохил карда шуд. 5 ноябри соли 1924, Комиссияи миллӣ оид ба барҳамдиҳии миллии давлатҳои Иттиҳоди Шӯравӣ дар Осиёи Миёна ба Бюрои сиёсӣ дар Кумитаи марказии РКП (Б) бо дархости ташкили минтақавии муҷозоти Вилояти Мухтори Кӯҳистони Бадахшон ва ҳамроҳ шудан ба Ҷумҳурии Тоҷикистон дар СССР таъсис ёфт. Бо қарори Комиссияи марказии интихобот ва раъйпурсии Тоҷикистон дар таърихи 2-юми январи соли 1925 Вилояти Мухтори Кӯҳистони Бадахшон ҳамчун як қисмати Сотсиалистии Тоҷикистон таъсис дода шуд.

Дар моҳи декабри соли 1941 ба Вилояти Мухтори Кӯҳистони Бадахшон табдил ёфт.